民國七十八年八月，嘉豐國民小學併為本校嘉豐分校，原屬該校之山里分效亦併為本校山里分校，八十二年七月嘉豐分校裁撤。本校創立至今已七十八年，自台灣光復後歷經十一任 ...
初鹿地區開始設置學校的歷史很久遠，在清朝光緒元年（1875年），就有「義塾」的設置。當時候初鹿這裡被稱為「北絲鬮」，由埤南同知袁聞柝設置第一所義塾，教導年幼的兒童讀書識字，學習四書五經。
日本人占據台灣之後(光緒廿一年，1895年)，將所有的義塾停廢，中間相隔了26年，一直到大正十年（民國十年，1921年）五月一日，才設置了新式的學校，是四年制的「北絲鬮蕃人公學校」，這是初鹿地區正式建校的開始，也是初鹿國小建校歷史的起算點。
大正十一年（民國十一年，1922年）四月一日，改稱「北絲鬮公學校」。昭和十二年(民國廿六年，1937年)，校名隨地名改變，更名為「初鹿公學校」。昭和十六年(民國卅年，1941年)又改稱「初鹿國民學校」。
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民國三十四年台灣光復後定名為初鹿國民學校。
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民國三十八年成立高台美濃分校。民國四十一年成立稻葉嘉豐分校。民國四十五年成立斑鳩東成分校。
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民國四十六年九月稻葉分校獨立設校。民國四十九年九月，高台分校合併斑鳩分班，成立美濃國民學校。
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民國五十七年八月實施九年國民教育後，本校奉令改名為初鹿國民小學。
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